Xposed Framework получил модификацию от одного из участников форума XDA. Товарищ topjohnwu выпустил версию, которая может работать в systemless-режиме. То есть она при установке не модифицирует системный раздел. А это в свою очередь ведёт к тому, что вы запросто можете получать, например, OTA-обновления системы или даже пользоваться Android Pay (правда, Xposed всё равно придётся отключить).
При этом данная модификация фреймворка Xposed может использоваться вместе с SuperSU от Chainfire, тоже работаютщем в systemless-режиме.
Что касается Android Pay, то в случае с новым Xposed, его достаточно просто отключить и перезагрузить устройство, а потом также просто активировать обратно. Система даже не будет перестраивать ART-кеш установленных приложений.
Но новый Xposed, к сожалению, пока что работает лишь с Android 6.0 Marshmallow.
Ещё больше деталей и возможность скачать продукт в официальной теме на форуме XDA.